GCF由理事会、秘书处和受托方组成，理事会受COP指导并向其汇报。理事会是主要决策机构，负责监管基金的运行，审议基金运行的模式、制定包括项目周期、管理、资金安排等具体的政策与指南、根据GCF的原则、准则、资助方式做资金安排等职能。

UNFCCC秘书处与GEF秘书处根据17次缔约方会议第3号决定设立了GCF的临时秘书处，在GCF成立正式秘书处前提供技术、管理和后勤支持。具体任务包括组织执行管理任务、与缔约方联系以及开展双边多边合作、管理项目日常运行、执行项目跟踪与评审等。

世行是GCF的临时受托方，负责资金流动记录、撰写财务报表以及理事会要求的其他报告。世行为履行GCF受托方的职责成立了中间财务基金（Financial Intermediary Fund）用于资金的接收、持有和转移。世行对GCF资金的操作都必须根据理事会通过的决定执行。

为了协助理事会履行各项职能，GCF成立了多个功能机构：

投资委员会
风险管理委员会
道德和审计委员会
认证工作小组
私营部门咨询小组