为落实国务院关于深化“放管服”改革、转变政府职能的要求，并与国务院机构改革后基金管理成员单位职责变化情况相适应，《办法》对基金运作模式和组织架构作了以下三方面完善：一是将基金运作模式由现行“按照社会性基金模式”修改为“按照市场化模式进行运作”，并规定基金有偿使用依托专业机构开展；二是将基金组织框架由现行“基金审核理事会和基金管理中心”修改为“基金政策指导委员会和基金管理中心”，将基金审核理事会负责审核基金重大业务事项，修改为基金政策指导委员会负责对基金发展的重大事项提出指导意见；三是规定财政部、生态环境部和发展改革委的代表担任基金政策指导委员会联合主席，负责召集和主持基金政策指导委员会会议。